Durant l'Antiquité, le site du prieuré fait partie d'un vaste ensemble gallo-romain. Du IIème au IVème siècle une villa occupe l'emplacement de l'église. L'Empereur Claude II fait élever un temple dédié à Diane et une vaste nécropole romaine occupe les environs. Lieu de sépulture utilisé sans interruption au-delà de l'Antiquité, par les mérovingiens et jusqu'au XVIème siècle.
L'église du Prieuré Saint Etienne d'Allichamps est construite au XIIème siècle et donnée à l'ordre des Augustins, de Bourges. Elle est mentionnée en 1183 dans les fonds de l'Abbaye de Noirlac
L'édifice de l'église prieurale devait suivre un plan bénédictin, composé d'un chevet à abside et deux absidioles, d'un transept et d'une nef à travée, flanquée de collatéraux accessibles depuis le transept par des passages berrichons. A cause du contexte historique du Berry au XIIème siècle (affrontements entre le roi de France et le duc d'Aquitaine) le programme ne fut pas terminé.
Au fil des siècles suivants l'église souffre de plusieurs évènements traumatiques et remaniements, guerre de Cent Ans, guerre de religion et la Fronde. La nef semble avoir été reconstruite au XVème siècle. A la révolution française la cure est supprimée et l'édifice peu à peu dépouillé. L'église est vendue et malgré son usage agricole, elle sera inscrite à l'inventaire des Monuments Historiques en 1926. La commune de Bruère-Allichamps le rachète en 1985 dans une volonté de préservation. Il est classé en totalité en 2007 pour la qualité de son témoignage de l’Histoire du Berry et la richesse de ses façades.
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- IIe-IVe siècles : Site gallo-romain, édification d’une villa romaine à l’emplacement de l’actuelle église, puis édification d’un temple romain dédié à Diane auquel d'ajoutera une vaste nécropole romaine,
- Ve siècle…: Etablissement d’un oratoire puis d’une église paléochrétienne dont la façade Ouest pourrait en partie être un vestige,
- Milieu XIIe siècle : Construction de l’église prieurale, donnée au bénéfice de l’Abbaye de Plaimpied, ordre des Augustins, mentionnée en 1183 dans les fonds de l’abbaye de Noirlac, Chevet et transept issus d’un premier programme richement décoré, projet non abouti de nef à travées et remplacement par une nef charpentée plus modeste,
- XVe-XVIe siècles : Reconstruction d’une partie de la nef
- 1730 : Visite de l’archevêque de Bourges, Monseigneur de la Rochefoucauld, signalant le mauvais état de l’église,
- 1744 : Devis de réparations divers : charpente en anse de panier et lambris de la nef, réfection des couvertures de la nef, réfection du dallage des sols, réfection des enduits de la nef, travaux lancés par le prieur F. Pajonnet,
- 1770 : Réduction de la superficie du cimetière «du coin de la seconde nef qui fait un angle rentrant dans le cimetière jusqu’au mur méridional du dit cimetière»,
- 1791 : Suppression de la cure prieurale par le Directoire du district de St-Amand, dissociation de l’église et du domaine et vente de ce dernier,
- 1793 : Démission du prieur F. Pajonnet, dépouillement de l’église,
- 1794 : Nouvelle vente du domaine (propriétaire : C-D. Berchon La Trolière),
- 1796 : Enquête du 4 Thermidor mentionnant l’écroulement de la partie centrale de la nef, vente de la maison curiale et de la partie occidentale de la nef, transformée en bâtiment agricole par la construction du mur de refend, (propriétaire : C-D. Berchon La Trolière),
- 1799 : Vente de la partie orientale de l’église et de la partie centrale de la nef, écroulée, (propriétaire : J-B. Augier),
- 1802 : Transfert de la cloche du prieuré dans l’église de St-Amand, puis en 1803, transfert des pierres consacrées des autels et des reliques dans la paroisse de La Celle,
- 1837 : Aliénation et vente de l’ancien cimetière, labouré puis transformé en jardin,
- 1852 : Réunification des deux parties de l’église en une seule propriété (propriétaire : F.P.A Gainault),
- Fin XIXe siècle : Reconstruction de la partie centrale de la nef,
- 1904 : Nouvelle vente du prieuré (propriétaire : E.M. Pirot),
- 19 février 1926 : Inscription à l’inventaire supplémentaire des Monuments Historiques,
- 1985 : Rachat de l’édifice par la commune de Bruère-Allichamps. Création de l’association « Les amis du prieuré d’Allichamps » l’année suivante. Début des fouilles archéologiques et des campagnes de restauration en 1986-1987.
- 9 août 2007 : Classement au titre des Monuments Historiques